2006年10月11日，科技部与云南省人民政府签署了《科学技术部 云南省人民政府工作会商制度议定书（2006—2010）》，确定了“十一五”期间共同推进云南省生物质能源产业化工程、有色金属新材料产业化基地、中药现代化科技产业（云南）基地、云南花卉星火产业带、云南特色动物资源实验动物产业化开发及共享平台建设等五个方面的会商主题。2008年8月25日和2009年7月18日，科技部、云南省人民政府两次召开部省会商工作会议，总结落实会商工作任务完成情况，研究会商议题，明确部省共同推进的重点工作，部署工作任务，形成了科技部与云南省人民政府就重大事项进行会商的有效工作制度。
　　“十一五”以来，在部省会商工作制度的推动下，云南省生物质能源、有色金属新材料、生物医药、特色花卉等产业发展迅速，取得了显著成效。
　　——云南生物质能源产业的创新基础进一步增强。在科技部的大力支持下，云南省围绕生物质能源产业发展技术需求，建设了云南省生物质能与环境生物技术重点实验室、云南省沼气工程技术研究中心等一批科技创新平台，组织实施了一批重大科技项目，突破了一批具有自主知识产权的生物质能源产业发展关键技术，培育了一批生物质能源产业龙头企业，为云南生物柴油产业发展奠定了重要的科技基础。
　　——云南有色金属新材料产业科技创新能力显著提升。在部省会商工作制度的推动下，科技部进一步加大了对云南省有色金属新材料产业发展的支持，提升了云南有色金属精深加工能力，延伸了产业链，提高了产品附加值，不断提升了产业核心竞争力，大力推进了云南有色金属新材料产业化基地建设。同时，推动建设了云南省新材料制备与加工重点实验室、云南省锡材料工程技术研究中心等一批科技创新平台，组织实施了一批重大科技攻关和产业化关键技术研发项目，获取了一批具有自主知识产权的有色金属新材料制备关键技术。
　　——云南生物医药产业核心竞争力不断增强。“十一五”期间，云南省共有23个药品研发和中药材种植等相关项目获得国家科技支撑计划、国家重大新药创制科技重大专项等计划支持，获国家科技资金补助9000多万元，成功开发了一批重大中药、民族药和创新药物系列产品，先后建设了云南民族药工程技术研究中心、云南省天然药物化学重点实验室等一批科技创新平台，30个各具特色的“云药之乡”，和文山三七、红河灯盏花等一批中药材种植基地及原料药基地。2010年，云南省生物医药产业实现工业总产值166亿元，工业销售收入154亿元，利润20.46亿元，分别比2009年增长了36.6％、41％和46.6％。全省销售收入过亿元的生物医药企业达34户，单品种销售过亿元的生物医药产品达31个。
　　——云南特色花卉产业竞争优势更加突出。科技部长期以来大力支持云南花卉产业的发展。2006年12月，“云南花卉星火产业带”获科技部批复建设，成为国家首批星火产业带之一。在科技创新的推动下，“十一五”期间，云南省共育成花卉新品种100余个，其中获得新品种权授权54个，占全国授权总数的85%以上，近50个品种通过了国家初审或实质性审查，花卉新品种数和种类居全国第一。至2010年，全省花卉种植面积达63.01万亩，花卉企业达1328家，从业人员达22.6万人；花卉总产值达232亿元，出口1.5亿美元，农民实现增收60亿元；鲜切花总产量60.5亿枝，连续17年全国排名第一，鲜切花国内市场占有率超过70%，出口到46个国家和地区。云南已成为全国最重要的花卉新品种研发基地和亚洲最大的鲜切花生产基地。
　　科技部与云南省部省会商工作制度的有效实施，进一步强化了部省科技资源集成，实现了部省科技资源向云南省经济发展重点领域和民生领域的有效聚集，对提升云南科技创新能力，加快科技成果转化和产业化，培育新的经济增长点和发展特色优势产业，促进云南经济发展方式转变和产业结构调整起到了积极的推动作用，形成了部省联动，共同推进云南经济社会又好又快发展的良好局面。