中亚五国与中国新疆毗邻，同处欧亚板块的中心位置，地质构造相互衔接；同是远离海洋的内陆区域，同属典型的大陆性气候，地理条件极为相似；自然资源都很丰富，地质条件较为接近；且都是从游牧民族发展起来的，国民经济结构比较相似，但都不够合理；在科研和科技发展上，都属于起步晚、底子薄，尤其在高科技领域，相对于其他地区而言严重滞后。但在富有地区特色的农业、牧业、重工业等领域，通过双方几代科技人员坚持不懈的努力，也取得了一些举世瞩目的成就。
　　新疆与中亚五国的合作互补性变化比较大，从初期的相互提供原材料到人无我有的初级产品，到现在的人有我亦有，但我方质优价更廉的产品。从起初的小规模、低档次合作到后来的大规模、高科技合作，从基础科学领域的合作到高新技术领域的合作(如生物工程等)。双方贸易限制越来越少，经过改革后双方的外贸体制越来越完善，运行机制越来越灵活，可实施操作的合作范围越来越宽；双方的合作风险有所降低，合作气氛有明显改善，合作逐渐趋向于规范的国际通行的合作方式，短期行为、非正常和非正规合作方式已逐渐行不通并开始大量减少。双方更注重合作的时效性，一般的礼节性互访明显减少，而拥有签字权的人员的访问频繁起来，双方所签合同的履约率越来越高，合作成本明显降低。
　　中亚五国与中国新疆可以开展互补性合作的领域很多，最重要的是工业类、农牧类、资源类、服务类、生态类、环保类及高新技术领域的合作。
　　工业类合作主要涉及农机、电工电器、石化通用机械和基础件在内的机械工业和包括计算机软件开发与信息服务、卫星地面接收设备、广播电视设备、热敏元件与传感器在内的电子工业；包括水电、火电、核电、风电和气电在内的电力工业；包括建筑材料、非金属矿和无机非金属新材料在内的建材工业；包括棉纺、毛纺、麻纺、丝织、棉针织、毛针织、印染、化纤等在内的轻纺工业；包括家用电器、日化用品、小五金、小百货、电讯及办公用品等在内的民用品工业；造纸业和塑料工业；包括肠衣业、乳品业、制糖业、烟业、渔业等在内的食品工业。上述领域都是双方还未开展大规模合作、在技术设备和价格上都各有优势、极具合作潜力的部门。
　　农牧类合作主要包括棉花、粮食等对双方都很重要的经济作物和粮食作物的品种资源搜集、良种引进与选育、品种与种子审定、良种繁育与推广、大规模机械化集约化种植、机械化植物保护以及节水灌溉、引水工程（如引额入克、入乌工程）和果蔬新品种引进、大面积推广及改进畜群结构、草场改良、家禽集约化大规模生产等方面。
　　资源类合作主要涉及双方地区发展最重要的支柱型产业能源类、金属类和非金属类矿产的勘探、开采和加工。其中能源类包括石油、天然气和煤炭等双方储量都很大的矿产勘探、开采和加工；金属类包括黑色金属、有色金属、稀有金属和贵金属的勘探、开采和加工；非金属矿包括化工原料非金属矿、建筑材料非金属矿、特种非金属矿和冶金辅助原料非金属矿等的勘探、开采和加工。由于双方都是资源富集区，这一领域的合作将对双方都有实效，对国民经济的发展产生深远影响。
　　服务类合作主要指交通运输、邮电通讯、医药卫生、旅游产业、科技教育等方面的合作。其中交通运输包括铁路、公路、航空和管道运输方面的合作。中亚五国与中国新疆的合作已开展多年，但距双方经贸合作的需求还有很大距离，亟需继续加强这方面的合作。邮电通讯主要包括电信业、广播电视等方面的合作。双方在传统的邮政业合作多年，但在移动通讯、电子邮件、有线电视等电信方面的合作还未展开，双方需要立即开始这一领域的合作。在医药卫生方面，中亚五国可与新疆在民族医药、中医药、医疗用品的生产与开发及居民卫生防疫与保健等领域开展多方位的合作。在旅游方面，由于有着共同的举世闻名的古“丝绸之路”、独特的自然景观和人文景观，以及独具风情的民风民俗，双方可以合作的路线和方式较多，极具开发潜力，双方应共同开发这块宝藏。在科教方面，可在中亚国家处于世界前沿的基础研究领域的物理、化学、应用数学、地理地质学等方面和新疆较有优势的胚胎移植、良种繁育等应用学科以及信息技术等高新技术领域开展共同研究、开发、教学等实质性的合作。
　　生态类合作主要涉及双方动植物资源的保护与研究、享誉世界的文物保护与研究、划入世界自然保护区的生态保护与研究(如喀纳斯河流域)、世界濒危物种的保护和恢复与研究等(如赛加羚羊、普氏野马)。
　　环保类合作主要包括对双方影响都很大的核废料、工业废料、取暖废料等在内的空气污染、水污染、干旱、土地沙漠化和盐渍化等的治理与研究。环境污染是一个世界性的问题，不存在地域限制，尤其对邻近国家和地区影响较大。中亚五国与中国新疆都面临同样的治理难题，双方亟需加强这方面的合作。
　　高新技术合作主要包括与双方有关的软件开发(如俄语翻译系统)、信息技术、自动化控制、电信服务等方面。
　　上述领域是基于双方特殊的地理位置所决定的，由于疆界毗邻，在生态和环保方面双方相互影响的地方非常多，也很直接，双方只能与对方开展合作。